Актуально на период перехода с ЗУП 2 на ЗУП 3 при параллельном ведении учёта в обеих конфигурациях.

В ЗУП 3 редакции из регистра накопления РасчетыНалоговыхАгентовСБюджетомПоНДФЛ выбираем поля Период, МесяцНалоговогоПериода, ФизическоеЛицо, Сумма.
Отбор по виду движения Расход.

С помощью com-соединения В ЗУП 2 редакции из такого же регистра накопления выбираем поля Период, МесяцНалоговогоПериода, ФизЛицо, Сумма
Отбор по виду движения Расход.

Данные выбираются за определённый период - отбор по полю МесяцНалоговогоПериода.

Сравниваем 4 поля из одной конфигурации с 4 полями из другой - одинаковые удаляем. Остаются записи, по которым есть нестыковки (неверный учёт).